Werd in september 1643 te Utrecht ingeschreven en studeerde daat theologie onder Car. Dematius (1597-1651) en Gisb. Voetius (1589-1676). In 1648 werd hij aangesteld als ambtgenoot van zijn vader, de predikant Paulus Colonius Sr. (overleden 1653) te Leerdam en hij bleef daar het predikambt bekleden tot hij 28 september 1656 te Harderwijk werd beroepen. Daarbij werd hem eerst het buitengewoon en spoedig daarna het gewoon hoogleraarschap in de godgeleerdheid aan de Gelderse Hogeschool opgedragen; hij ontving daarvoor boven

In het voorjaar van 1664 nam Colonius een beroep als predikant te Deventer aan, hetzij omdat de dubbele functie te Harderwijk hem te zwaar viel, hetzij omdat hij als overtuigd Voetiaan geen vruchtbare samenwerking verwachtte met zijn in 1664 benoemde ambtgenoot Samuel van Diest (1631-1694, BWPG II 490-492), die als, zij het gematigd, Coccejaan bekend stond. In 1667 gaf hij uiting aan zijn afkeer van de denkbeelden van Coccejus in een scherp gesteld geschrift over de zin van het vierde gebod, dat verloren is gegaan en waarvan zelfs de juiste titel niet bekend is.

Toen in 1675 te Den Bosch bekend werd, dat de predikant-hoogleraar R. Vogelsang (ca 1610-1679) een beroep naar Deventer had aangenomen, trad de stedelijke regering in overleg met de kerkeraad om te bereiken, dat de te beroepen predikant evenals Vogelsang ook het hoogleraarschap in de godgeleerdheid op zich zou kunnen nemen. De keuze viel op Colonius, maar de bekrachtiging van diens benoeming tot hoogleraar door de Raad van State en de vaststelling van zijn salaris leverden enige moeilijkheden op. Zijn salaris werd tenslotte bepaald op ƒ 500,-.

Van het onderwijs van Colonius te Harderwijk en te Den Bosch zijn geen bijzonderheden bekend. Zowel daar als te Deventer heeft hij geschriften van theologische, apologetische en polemische aard in het licht gegeven. Met zijn Deventer collega L. van Rijssen (ca 1636-1716) koos hij in 1669 de zijde van Gisb. Voetius in diens strijd tegen de Utrechtse predikant-hoogleraar L. Wolzogen (1633-1690) en diens Libri duo de Scripturarum interprete adversus exercitatorem paradoxum (Ultraj. 1668), waarin ook zijn Bossche voorganger R. Vogelsang een rol heeft gespeeld. Colonius en Van Rijssen maakten zich daarbij aan zulk onbeheerste temperamentsuitingen schuldig, dat de Utrechtse vroedschap een geschrift van hun hand door de politie liet ophalen en de regering van Deventer verzocht, maatregelen tegen hen te nemen.

Ook in Den Bosch was het optreden van Colonius niet steeds door gematigheid en verdraagzaamheid gekenmerkt. Met zijn collega dr. P. Tielenius (overleden 1686) en de ouderling Herm. Kuchlinus (1620-1685), een broer van de predikant-hoogleraar Jac. Kuchlinus (1619-1697), kwam hij 27 april 1678 namens de kerkeraad de stedelijke regering onder het oog brengen, dat zij al een paar jaar lang bezig waren op te treden tegen de paapse scholen, die zich onder allerlei gedaanten nog in de stad hadden weten te handhaven, en dat de hoogschout de schoolhouders al meermalen had beboet, maar zonder het door de kerkeraad gewenste resultaat. De hoogschout vroeg hen, of zij dan de schoolmeesters de poort uitgejaagd wensten te zien, en raadde hen aan, zelf verdere maatregelen te nemen; als men de reformatie tegen het pausdom wenste te handhaven, dan moest men maar beginnen op het stadhuis, waar nog tal van paapse ambtenaren te werk waren gesteld. De afgevaardigden van de kerkeraad hadden daar niets meer op terug.

Colonius is in 1669 te Deventer in het huwelijk getreden met Cunera Hagedoorn (overleden Den Bosch 1681), weduwe van Sibert van Boeckholt, burgemeester van Deventer (overleden Deventer 22 november 1666).